Theo quy trình vận hành được công bố, các cống sẽ được vận hành khi có mặn xâm nhập sâu, bất thường. Việc vận hành cống đảm bảo kiểm soát độ mặn tại các điểm khống chế trong vùng dự án không vượt qua độ mặn cho phép ảnh hưởng đến cây trồng, thủy sản.

Chẳng hạn ở trạm Cái Tư (giáp ranh Hậu Giang và Kiên Giang) độ mặn khống chế nhỏ hơn 1 phần ngàn. Do vùng tác động của dự án có các mô hình sản xuất mặn, ngọt, lợ khác nhau nên việc vận hành phải rất linh hoạt.

Mục đích là kiểm soát để độ mặn ở trạm Cái Tư (vùng ngọt) không vượt mức 1 phần ngàn nhưng cũng để vùng nuôi tôm ở khu vực An Minh, An Biên, U Minh thượng lấy được nước có độ mặn hợp lý.

Cống Cái Lớn - Cái Bé phục vụ điều tiết nước cho 384.120 ha đất sản xuất thuộc 5 tỉnh vùng bán đảo Cà Mau. Dù thời gian xây dựng bị tác động bởi dịch bệnh COVID-19 nhưng chủ đầu tư và các đơn vị thi công đã nỗ lực cao độ, hoàn thành công trình chỉ trong vòng 24 tháng, kịp tham gia phòng chống xâm nhập mặn trong mùa khô này.

Việc vận hành linh hoạt cống Cái Lớn - Cái Bé đã giúp cho các vùng sinh thái mặn, ngọt, lợ được cung cấp nước đầy đủ. Người dân trong vùng dự án an tâm sản xuất vì được bảo vệ an toàn.