Cụ thể, khoảng 19h00, tàu khách Thống nhất SE8 đang chạy khu gian Văn Điển - Giáp Bát (Hà Nội) hướng Sài Gòn - Hà Nội, khi đến km 06+900, lái tàu hãm dừng tàu khẩn cấp và báo trưởng tàu biết tàu va phải người.

Trưởng tàu cùng các bộ phận xuống tàu, kiểm tra hiện trường, phát hiện tại lối đi tự mở qua đường sắt có một nạn nhân là nữ, tử vong tại chỗ, vị trí nằm dưới gầm toa xe số 7. Gầm đầu máy có 1 xe máy hư hỏng hoàn toàn, bị kẹt dưới gầm.

Tổ tàu đã đưa nạn nhân và xe máy ra khỏi khổ giới hạn an toàn đường sắt. Trưởng tàu điện báo điều độ để báo ga Giáp Bát cử người ra giải quyết tai nạn; đồng thời cử bảo vệ theo tàu và nhân viên ở lại phối hợp giải quyết theo quy định. Tàu chạy lại lúc 19h33, tiếp tục hành trình về ga Hà Nội.

Được biết, vị trí xảy ra tai nạn nằm trên đoạn đường vào làng Tứ Kỳ (phường Hoàng Liệt, quận Hoàng Mai), gần bến xe Nước Ngầm. Đây là khu vực trước đây hay xảy ra tai nạn tàu va phương tiện vượt ẩu qua đường sắt.