Cảng cá âu thuyền Thọ Quang có diện tích mặt nước 57 hecta và diện tích trên bờ 25 hecta. Với một diện tích lớn như vậy, việc xử lý triệt để rác thải, nước thải từ lượng lớn tàu thuyền có khi lên đến hơn 1000 chiếc là một thách thức lớn cho đơn vị quản lý. Trong nhiều biện pháp được đơn vị quản lý triển khai nhằm đảm bảo vệ sinh môi trường tại cảng cá Thọ Quang, thì việc tuyên truyền, vận động và nâng cao ý thức cho người dân và ngư dân được xem là giải pháp hàng đầu. 

Là cảng cá lớn nhất tại miền Trung, hoạt động mua bán thủy sản tại Cảng Thọ Quang diễn ra nhộn nhịp 24/24 giờ trong ngày. Do đó để hạn chế ô nhiễm môi trường, trong năm 2017 vừa qua, đơn vị quản lý đã tiếp tục nghiên cứu và đưa công nghệ lọc nước biển của Nhật Bản vào việc tạo nước phun tẩy rửa tại khu vực mua bán thủy sản. Với công nghệ này, không những xử lý tốt môi trường mà còn tiết kiệm chi phí rất hiệu quả, thay vì dùng nước thường để tẩy rửa như trước đây. Đây là nỗ lực không nhỏ trong việc duy trì các chỉ số về môi trường không chỉ ở khu vực âu thuyền cảng cá Thọ Quang mà còn đối với khu vực dân cư xung quanh.