Tiếp giáp với sông Bà Vệ là sông Kim Bồng, trước đây cũng rộng hàng chục mét, thuyền bè có thể lưu thông. Nhưng bây giờ, sông thu hẹp chỉ còn vài mét. Dọc 2 bên bờ hiện nay đều bị người dân lấn chiếm để xây nhà cửa, các công trình kiên cố hoặc để trồng cây, đổ phế thải, làm bãi chứa vật liệu xây dựng. Còn lòng sông cây cối mọc um tùm, đầy rác thải sinh hoạt. Nước ứ đọng lâu ngày đã chuyển sang màu đen ngòm, bốc mùi hôi thối. 

Theo thống kê, hiện có khoảng 400 hộ dân đang lấn chiếm sông Bà Vệ và sông Kim Bồng. Ban quản lý Dự án Phát triển tỉnh Khánh Hòa cho biết, dự án khơi thông gần 2,5km dòng chảy của 2 dòng sông Bà Vệ và Kim Bồng đã có, nhưng phải đến năm 2018 mới tổ chức đấu thầu triển khai. Còn trong lúc này, nhiều hộ dân sống ven sông vẫn đang lén lút, cố tình lấn chiếm bờ sông để phục vụ mục đích cá nhân.